L’État tunisien indépendant a déployé des efforts considérables pour la collecte des manuscrits se trouvant dans les mosquées, les mausolées et les bibliothèques personnelles et pour la promulgation de législations spécifiques gérant leur dépôt à la Bibliothèque nationale, leur protection et leur mise à la disposition des chercheurs.
Le contenu de ces manuscrits couvre toutes les sections de la culture arabe et islamique, à l’instar des sciences, de la jurisprudence, de la linguistique, de la littérature et des arts. La bibliothèque dispose aussi d’une importante collection de manuscrits du Coran, de hadiths dont l’enluminure traduit les spécificités de l’école tunisienne dans l’art de la calligraphie et de l’ornementation.
Le fonds des manuscrits contient vingt-quatre mille (24000) volumes (aux environs de quarante-trois mile titres). L’exégèse du Coran de Yahia Ben Sallem (ليحيى بن سلاّم) et la traduction d’Almageste de Claude Ptolémée (المجسطى لبطليموس) sont les manuscrits les plus anciens. La date de leur copie remonte au IVe siècle de l’Hégire (Xe après J.-C).
Les efforts déployés par les indexeurs de manuscrits ont donné lieu à une base de données intégrant une carte d’indexation descriptive de l’ensemble du fonds. La bibliothèque publie des indexes imprimés intégrant une carte d’indexation analytique numérotée, jusqu’à nos jours, du n° 1 au n° onze mille cinq cents (11500).